O Sistema Regional de Saúde, como outros Sistemas de Saúde, enfrenta múltiplos desafios. As opções estratégicas implicam preparação para o envelhecimento da população e para as consequências de maior longevidade; exigem capacidade de antecipar, defrontar e actuar na emergência, reemergência e redistribuição da doença, bem como encontrar soluções para as questões delicadas, relacionadas com as expensas crescentes e a sustentabilidade dos serviços de saúde, estas últimas muito por conta do desenvolvimento técnico, científico e tecnológico que acarretam novas abordagens clínicas e uma panóplia de tratamentos altamente diferenciados.